飞机偏出跑道！机长视力不达标！机组对夜间大雨天气运行风险管控能力不足，进近和着陆准备不充分，标准操作程序执行不到位等问题。
5月8日，有民航领域知情人士告诉记者，此次事故发生之前，还有人曾多次向民航华东地区管理局反馈，济南机场跑道两端埋轮胎，以及机场助航系统不清晰江南JN体育登录入口、不准确等问题，也都存在安全隐患。
这份调查报告显示，飞机在准备着陆时，当班机组未按照下降进近简令进行下降进近准备，在使用HUD之前，未按照标准操作程序要求进行参数设置，标准喊话缺失，进近过程中未结合机场周边天气实况谨慎评估并做好复飞决策。
记者注意到，当晚济南机场存在大阵雨，机组在大雨条件下进近、着陆，违反了《运行手册》《机组标准操作程序》有关规定。
民航华东地区管理局航空安全委员会认为，此架航班，机长操纵能力不足，注意力分配不当，着陆过程中因看不清跑道主要参考HUD指示，无线英尺以下跟丢HUD指引后未复飞，在已经偏左的情况下依然压左盘、蹬左舵，导致航向道偏差在接地前3秒内由0.02增加至0.19。
关于机长视力不达标的问题，调查报告显示，关于医学及病理毒理情况，未发现3名飞行人员有摄入酒精或药物的情况。事后对当班机长进行视力检查，其在戴执勤时的矫正镜（右眼-2.00DS，左眼-1.75DS）的情况下远视力检查右眼0.4，左眼0.6，电脑验光右眼-3.00DS，左眼-2.75DS，未达到CCAR-67部相关标准。在着陆过程中，机长偏差识别和修正能力弱，动作粗猛，在低高度跟丢HUD指引，违反HUD使用限制规定未及时复飞；注意力分配不当，未及时目视跑道，对飞机状态不掌握，在已经偏左的情况下依然压左盘、蹬左舵，致使飞机带较大的左坡度、左交叉和向左侧滑的惯性接地，虽立即蹬右满舵修正，但已无法制止飞机左偏趋势，最终飞机向左偏出跑道。
除此以外，关于机组的问题，调查报告也指出，机组未按照SOP要求完成进近准备，未完成进近简令和HUD检查单，未进行着陆性能评估，没有严格执行标准操作程序和标准喊话，违反公司大雨禁止落地规定未终止进近，最终导致飞机在偏出跑道后压坏四个跑道边灯，事发后，机组也没有及时向空中交通管制部门报告，导致机场在跑道污染的情况下运行31分钟，其间有5个航班降落，9个航班起飞。
5月8日，有民航领域的知情人士告诉记者，实际上，在此次偏出跑道事件发生之前，曾有多人向民航华东地区管理局反映济南机场跑道两端的安全隐患，多次提到机场近期在跑道两端入口处，浅埋布设了大量轮胎，对机场航班飞行起降安全构成潜在的高风险安全隐患。
民航华东地区管理局航空安全办公室曾在2023年5月8日作出回复称，济南机场于2023年3月中旬，为设置航向信号外场测试基准点的标识，在距跑道端约120米处的安全区内土面区下埋设了废轮胎。
后经调查，反映的土面区下埋有废旧轮胎情况基本属实，存在安全隐患，按照发现安全隐患立整立改的原则，山东监管局要求济南机场立即整改消除安全隐患，4月19日凌晨，济南机场飞行区管理部将全部填埋的42个轮胎清理出土面区，填平轮胎埋入区域，完成对土面区的碾压，并已联系第三方检测单位，尽快完成密实度测试。
知情人士还告诉记者，民航华东地区管理局下达的华东局整改山东字〔2023〕182号的整改通知书中，曾详细标示过这次检查调查的飞行区场地管理、净空管理、鸟害及动物防治、目视助航设施管理、防止车辆和人员跑道侵入以及不停航施工管理等内容，责令济南机场限期整改。